Türk Tabipleri Birliği tarafından, düzenlemenin iptali için Danıştay’da dava açılmıştı. Bu davada; herkesi ilgilendiren kurallar içermesi sebebiyle Resmi Gazete yayınlanması gerektiği, kişisel sağlık verilerinin paylaşılmasına ilişkin olarak yasalarla izin verilen çerçeveyi de aşan kurallar getirdiği, üstelik kimi paylaşımlarda herhangi bir anonimleştirme de öngörmediği gibi sebeplerle Usul ve Esasların hukuka aykırılığı belirtilmişti.
Danıştay 10. Daire tarafından 14.03.2017 tarihinde verilen kararla, Usul ve Esaslar’ın yürürlüğe girebilmesi için Resmi Gazete’de yayımlanması gerektiği belirtilerek yürütmesi durduruldu, düzenlemenin esasına/içeriğine ilişkin ayrıca bir değerlendirme yapılmadı.
Karara SGK tarafından itiraz edilmesi halinde, değerlendirme İdari Dava Daireleri Kurulu tarafından yapılacak. Ancak itiraz edilmesi Kararın uygulanmasını durdurmayacak.