Sağlıkta dönüşümü gerçekleştiren Sağlık Bakanlığı, şimdi de teşkilatı sil baştan değiştiriyor. Değişimle merkez teşkilatında görev yapan müsteşar dahil olmak üzere tüm merkez teşkilatı personeli sözleşmeli olacak. Sözleşmeler performansa göre 2 yılda bir yenilenecek. Böylelikle, artık bir kere devlete kapağı atan memur yan gelip yatamayacak.
Başbakanlığa gönderilen Sağlık Bakanlığı'nın teşkilat yapısıyla ilgili Kanun Hükmünde Kararname Taslağı, Milli Eğitim Bakanı Ömer Dinçer'in Başbakanlık Müsteşarlığı döneminde "Kamuda Reform" başlığı ile gündeme getirdiği çalışmadan esinlenerek hazırlandı. Kararname taslağına göre bakanlık bünyesindeki Teftiş Kurulu da kaldırılacak. Yerine bakanlığa bağlı olarak kurulacak özel bütçeli "Sağlık Gözetimi ve Denetimi Kurumu" sağlık hizmeti sunan tüm kurumların denetlenmesinden sorumlu olacak.
Tasarıya göre, Veremle Savaş ve Kanserle Savaş Dairesi Başkanlıkları başta olmak üzere Bakanlığa bağlı ana hizmet birimleri kaldırılacak. Bakanlığa bağlı kurulacak kurumlar şöyle olacak: Sağlık Hizmetleri ile İlaç ve tıbbı cihaz piyasasını düzenlemek üzere "Sağlık Hizmetleri Kurumu" ile "Tıbbi ürünler ve İlaç Kurumu" olmak üzere 2 farklı kurum kurulacak. Sağlık hizmetlerinde gözetim ve denetim yapmak üzere "Sağlık Gözetimi ve Denetimi Kurumu" hizmet sunumu için ise "Halk Sağlığı Kurumu", "Devlet Hastaneleri Kurumu" ile "Hudut ve Sahiller Sağlık Kurumu" kurulacak. Tasarıyla genel müdürlüklerin yerini başkanlıklar ve kurullar alacak. Bu kapsamda başta müsteşar olmak üzere, müsteşar yardımcıları, genel müdürler gibi üst düzey bürokratlar da sözleşmeye geçecek. Sözleşmelilerin süresi 2 yıldan 4 yıla kadar olabilecek. Süre bitiminde sözleşme kendiliğinden sona erecek. Süre bitiminde performansı yeterli görülenlerle yeniden sözleşme yapılacak.